Isaac Makhdoomi kommer från en indisk-schweizisk familj och växte upp i Baselområdet. Som barn av två världar fick han en mångsidig och händelserik barndom, både kulturellt och musikaliskt, vilket gav honom ett öppet öra för en mängd olika influenser. Som klassiskt utbildad musiker och experimentell improvisatör lyckas han implementera dessa olika förslag med passion och framgång.

Från 2005 till 2012 studerade han blockflöjt i Kees Boekes och Maurice Stegers mästarklasser vid Zürichs konstuniversitet.

Isaac Makhdoomi spelar helst som solist eller i kammarmusikuppsättningar. Hans repertoar omfattar främst stycken från tidig till sen barock, men han är också mycket förtrogen med äldre renässanslitteratur och samtida stycken. Som improviserande blockflöjtsspelare är det mycket viktigt för honom att kunna presentera sitt instrument med dess färgglada, bländande variation av ljud och stora flexibilitet. Sedan 2013 har han gjort detta tillsammans med jazzpianisten Andreas Svarc, med vilken han spelar egna kompositioner under namnet "Sangit Saathi", som stilmässigt klassas som crossover. 2016 släppte han sitt första album med egna kompositioner, Changing Moments. 

2015 släpptes CD-inspelningen av Bachs Brandenburg-konserter med Brandenburgs statsorkester under ledning av Howard Griffiths. Isaac Makhdoomi fick spela soloblockflöjt på denna inspelning.

2021 släppte Isaac Makhdomi en vacker CD med alla sonater av den i stort sett okända Domenico Maria Dreyer på Prospero Classical-etiketten. Detta album skapades i samproduktion med SRF 2 Kultur och firades entusiastiskt av fackpressen.

Eftersom Isaac Makhdoomi även har avslutat Master of Arts in Music Pedagogy utöver Master in Performance, har han sedan 2013 undervisat blockflöjt med stort engagemang och engagemang vid två musikskolor i Baden-området i kantonen Aargau. Han arbetar också som kompositör för blockflöjt och har publicerat egna verk med Heinrichshofen och Edition Tre Fontane.