Isaac Makhdoomi vem de uma família indiana-suíça e cresceu na área de Basileia. Como filho de dois mundos, teve uma infância variada e agitada, tanto cultural quanto musicalmente, o que lhe deu um ouvido aberto para uma ampla variedade de influências. Como músico de formação clássica e improvisador experimental, ele consegue implementar essas diversas sugestões com paixão e sucesso.

De 2005 a 2012 estudou flauta doce nas master classes de Kees Boeke e Maurice Steger na Universidade de Artes de Zurique.

Isaac Makhdoomi prefere tocar como solista ou em formações de música de câmara. Seu repertório inclui principalmente peças barrocas do início ao fim do período, mas ele também está muito familiarizado com a literatura renascentista mais antiga e peças contemporâneas. Como flautista improvisador, é muito importante para ele poder apresentar seu instrumento com sua variedade de sons coloridos, deslumbrantes e grande flexibilidade. Desde 2013 faz isso com o pianista de jazz Andreas Svarc, com quem toca suas próprias composições sob o nome de "Sangit Saathi", que são estilisticamente classificadas como crossover. Em 2016 lançou seu primeiro álbum com composições próprias, Changing Moments. 

Em 2015 foi lançada a gravação em CD dos Concertos de Brandenburgo de Bach com a Orquestra Estatal de Brandemburgo sob a direção de Howard Griffiths. Isaac Makhdoomi foi autorizado a tocar gravador solo nesta gravação.

Em 2021 Isaac Makhdoomi lançou um belo CD com todas as sonatas do desconhecido Domenico Maria Dreyer pelo selo Prospero Classical. Este álbum foi criado em co-produção com a SRF 2 Kultur e foi celebrado com entusiasmo pela imprensa especializada.

Como Isaac Makhdoomi também concluiu o Master of Arts in Music Pedagogy, além do Master in Performance, ele ensina a flauta doce com grande dedicação e empenho em duas escolas de música na área de Baden, no cantão de Argóvia, desde 2013. Ele também trabalha como compositor para a flauta doce e publicou suas próprias obras com Heinrichshofen e Edition Tre Fontane.