Isaac Makhdoomi kommer fra en indisk-schweizisk familie og voksede op i Basel-området. Som barn af to verdener nød han en varieret og begivenhedsrig barndom, både kulturelt og musikalsk, hvilket gav ham et åbent øre for en bred vifte af påvirkninger. Som klassisk uddannet musiker og eksperimentel improvisator lykkes det ham at implementere disse forskellige forslag med passion og succes.

Fra 2005 til 2012 studerede han blokfløjte i mesterklasserne hos Kees Boeke og Maurice Steger ved Zürich University of the Arts.

Isaac Makhdoomi foretrækker at spille som solist eller i kammermusikformationer. Hans repertoire omfatter hovedsageligt værker fra tidlig til sen barok, men han er også meget fortrolig med ældre renæssancelitteratur og nutidige værker. Som improviserende blokfløjtespiller er det meget vigtigt for ham at kunne præsentere sit instrument med dets farverige, blændende variation af lyde og store fleksibilitet. Det har han siden 2013 gjort sammen med jazzpianisten Andreas Svarc, med hvem han spiller sine egne kompositioner under navnet "Sangit Saathi", der stilmæssigt er klassificeret som crossover. I 2016 udgav han sit første album med sine egne kompositioner, Changing Moments. 

I 2015 udkom CD-indspilningen af Bachs Brandenburg-koncerter med Brandenburger Statsorkester under ledelse af Howard Griffiths. Isaac Makhdoomi fik lov til at spille solo blokfløjte på denne optagelse.

I 2021 udgav Isaac Makhdoomi en smuk cd med alle sonater af den stort set ukendte Domenico Maria Dreyer på Prospero Classical-pladen. Dette album blev skabt i co-produktion med SRF 2 Kultur og blev fejret med entusiastisk af specialpressen.

Da Isaac Makhdoomi også har afsluttet Master of Arts i Musikpædagogik udover Master in Performance, har han siden 2013 undervist blokfløjte med stort engagement og engagement på to musikskoler i Baden-området i kantonen Aargau. Han arbejder også som komponist for blokfløjten og har udgivet sine egne værker med Heinrichshofen og Edition Tre Fontane.