Isaac Makhdoomi pochází z indicko-švýcarské rodiny a vyrostl v oblasti Basileje. Jako dítě dvou světů si užíval rozmanité a bohaté dětství, jak kulturně, tak hudebně, což mu dalo otevřený sluch pro širokou škálu vlivů. Jako klasicky vyškolený hudebník a experimentální improvizátor se mu daří realizovat tyto různorodé návrhy s vášní a úspěchem.

V letech 2005 až 2012 studoval zobcovou flétnu v mistrovských kurzech Keese Boekeho a Maurice Stegera na Curyšské univerzitě umění.

Isaac Makhdoomi nejraději hraje jako sólista nebo v komorních formacích. Jeho repertoár zahrnuje především raně až pozdně barokní díla, ale velmi dobře zná i starší renesanční literaturu a současnou tvorbu. Pro improvizujícího hráče na zobcovou flétnu je pro něj velmi důležité, aby mohl svůj nástroj prezentovat s jeho barevnou, oslnivou rozmanitostí zvuků a velkou flexibilitou. Od roku 2013 to dělá s jazzovým pianistou Andreasem Švarcem, se kterým hraje vlastní skladby pod názvem „Sangit Saathi“, které jsou stylově řazeny k crossoverům. V roce 2016 vydal své první album s vlastními skladbami Changing Moments. 

V roce 2015 vyšla CD nahrávka Bachových Braniborských koncertů s Braniborským státním orchestrem pod vedením Howarda Griffithse. Isaac Makhdoomi mohl na této nahrávce hrát na sólovou zobcovou flétnu.

V roce 2021 vydal Isaac Makhdoomi krásné CD se všemi sonátami z velké části neznámého Domenica Maria Dreyera na značce Prospero Classical. Toto album vzniklo v koprodukci s SRF 2 Kultur a bylo nadšeně oslavováno odborným tiskem.

Vzhledem k tomu, že Isaac Makhdoomi kromě Master in Performance absolvoval také Master of Arts v hudební pedagogice, vyučuje od roku 2013 hru na zobcovou flétnu s velkým nasazením a nasazením na dvou hudebních školách v oblasti Baden v kantonu Aargau. Působí také jako skladatel pro zobcovou flétnu a publikoval svá vlastní díla s Heinrichshofenem a Edition Tre Fontane.